金波医生的妻子在家中被人谋杀,虽然金波当晚撞见独臂凶手并与之搏斗,但是凶手终于逃走,金波本人却因种种不利证据被判定为谋杀罪。在押解前往监狱的途中,一名犯人试图逃脱造成狱车事故,金波在混乱中搭救了一名警员并趁夜色逃逸。赶到事故现场的联邦司法官山姆接手此案追捕金波,山姆为人精明强干,作风强硬,更重要的是,他怀有一颗探求真相的正义之心。山姆带队与金波展开了节奏紧凑的追捕与反追捕,金波在四面无援的困境中,依靠为爱妻报仇的意念坚持了下来,并将山姆引向此案的真相。原来某大制药厂为使一种失败的新药通过审查,动用了篡改医疗报告等不法手段,不肯合作的金波于是成为了他们暗杀的对象……。在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后,地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他...。