随着可可和基蒂入狱,神秘公司认为他们终于可以享受一段休息了。。影片讲述从小怀揣检察官梦想的张蓦然,在高中爱情萌芽期,喜欢邻班同学苏忆。随后,两人双双考入大学。张蓦然如愿以偿学习法律专业,苏忆则是学习金融专业。毕业后,张蓦然顺利进入检察院,完成儿时梦想,成为一名检察官。苏忆却经历爱情徘徊期。一边是青梅竹马的青年才俊张蓦然,一边则遇上霸道总裁夏启东,爱情之路一波三折。苏忆的犹豫不决,让张蓦然愤然离开,选择回归自己的正常生活……。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。