M国内战失控,叛军引发种族屠杀,国际社会密切关注,但是联合国安理会并未授权军事干预。子安接受委托,任务是率雇佣兵小队深入叛军腹地,找到红十字医疗小组的凌月医生,并将她送抵安全地点。 子安率佣兵小队血战丛林,一路闯关拔寨,终于赶到医疗小组驻地,找到凌月。但是凌月坚持:除非把她照看下的70位难民一起带出险境,否则她誓死也不会离开这里。 子安在成为佣兵的第一天起,首先学会以任务为重的处事原则,而现在则可能要带上一批与任务无关甚至会彷碍他们顺利完成任务的人,这些训练精良的佣兵必须在天职和道德之间作出选择。 子安还未来得及做出决定,新的危机迅速到来。游城十代在前往决斗学院实技测验的途中,偶遇了传说中的决斗者武藤游戏,并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时,一个名为七星的神秘团体出现了,它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。
游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者,与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一,十代打败大德寺老师,彻底挫败了七星的阴谋,并得到贤者之石的卡片。
三幻魔事件结束后,原来的伙伴们相继离开决斗学院,一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响,无法进行卡牌决斗。之后,游城十代遇到了来自新空间的使者,找回了对决斗的热忱与兴致。
不久后,前往童实野町毕业旅行的十代一行人,被强迫接受斋王美寿知的考验,并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后,鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流,进而提升决斗能力的活动,却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中,十代向斋王挑战,成功打败被“破灭之光”操控的斋王,拯救了世界。。