琴的死亡在X战警中造成了持续的影响,斯科特和金刚狼罗根恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女和金刚狼等人的肩上,异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”,可以令异种人的身体与常人无异,解药的问世在异种人中引起了强烈反响,万磁王四处联系不愿改变体质的异种人,试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去,而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量,X教授和万磁王各自争取琴,她成为了改变异种人世界的关键人物……。扎西平措是九龙湾的土匪,身负血海深仇,误以为云南中甸土司多吉是自己的仇人,却在寻仇过程中爱上了多吉的女儿卓玛,无奈两人却因为种种阻拦而分离八年。
八年后,野心勃勃的索朗夺取了多吉的土司之位,当上了云南中甸的土司,控制了中甸并与日军暗中勾结。扎西放下了仇恨,成为了马帮的马锅头,在走马帮的过程中,多次为抗日前线运送物资,为抗日做贡献。得知索朗的所作所为后,扎西回到中甸帮助多吉夺回了土司之位,原来扎西竟然是多吉的亲生儿子,而卓玛是多吉的养女,两个有情人终于走到了一起。
扎西众望所归,当上了中甸的大土司,为了保家卫国,扎西带领中甸藏族人民走上了抗击日军侵略的道路。。