「フランケンシュタイン対地底怪獣」の姉妹編。クローン生物のフランケンシュタインが、より怪獣的になり、分裂によって山の怪獣サンダと海の怪獣ガイラの2体に分かれる。心優しい兄のサンダと人間を食う凶暴な弟のガイラが、骨肉相食む死闘を演じる。2匹の死闘は都市を中心に展開され、従来脇役に徹してきた自衛隊が、今回は生命の細胞までも焼きつくす殺人光線兵器・メーサー光線砲戦車を登場させ、互角の闘いを演じる。この日・米合作によるフランケンシュタイン2部作は、当時の怪獣ブームから、人間不在の怪獣トーナメント化した怪獣映画に一石を投じたが、本流にはならなかった。。万历年间,天下太平。早年倭寇横行,幸得戚继光和俞大猷两位将军平定,终于换得今日的内外祥和。此时武林由四大家族坐镇,任何人试图开宗立派须经四大门派同意方可。某天,京城刀光四起,两名手持倭刀的神秘之人令武林打乱阵脚。当年戚继光从倭刀的持法中悟出玄机,因此对倭刀进行改良,以彼之道还之彼身,令倭寇闻风丧胆。随着戚继光去世和天下安定,戚家倭刀渐渐失传,中原武林也斥之为邪道不予承认。这二人正是戚家军营的高手,他们挑战四大门派,只望为戚家倭刀正名。
而武林各派也干脆将他们当作倭寇予以围捕,连归隐山中多年的霜叶城第一高手裘冬月也下山擒贼……。