公元2110年,能源即将耗尽的地球满目疮痍,全人类面临灭顶之灾。千钧一发之际,一群勇敢的赛尔智能机器人登上赛尔号飞船,临危受命前往浩瀚宇宙寻找无尽能源。
转眼过了数年,星际探险员赛小息、天才机械师卡璐璐和宇宙战士阿铁打奉命维修飞船,却被遥远星系突如其来的神秘爆炸震散,流落四方生死未卜……赛尔先锋精英小队星际探险的航程难道就要在此终止了吗……
与此同时,人工智能中的邪恶力量也在觉醒,他们策划了一场恐怖绝伦的入侵阴谋,矛头直指那颗美丽的蓝色星球——人类的最后家园!危机四伏之际,最神秘的异星历险猝然开启,最疯狂的拯救行动也随之展开!为了生存,星际探险员们将作出怎样的艰难抉择?恩怨交织,流落荒芜星球的英雄们命运谁主沉浮?更有神秘红色精灵,光之星米瑞斯的归宿究竟在哪里?浩渺星系,机械迷城,深层宇宙空间里那些高度发达的人工智能,又隐藏了多少不为人知的秘密呢?。影片讲述了抗日战争时期的张家镇,青年小林找在日军维持会工作的老同学张处长办几张通行证,张处长满口答应,没想到小林一回家,张处长就带着日本鬼子来抓走他们。胡大嫂趁张处长吃饭时把小林他们救走,他人准备去重庆,在通过敌人的哨所时被敌人发现,小林被打伤后又被胡大嫂救起,到医院治伤时张处长派人来抓小林,胡大嫂把鬼子打死。小林的同学范丽来到张处长家,假借订婚在酒中下毒将日军毒死,胡大嫂趁机将张处长打死。。故事发生在第一部的四年之后,此时特警K已经退休,成为一名普通的邮局局长,而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”,占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球,全面负责这件事情的K为了地球的安全,拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜,MIB派J去寻找k,调查当年事件的真相,怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在,成了J面临的第一个难题……。