“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。新区街童大强、昏迷、护发素、小妖、薄乐卡等是黑道少年,收保护费、入室抢劫等坏事无所不为。大强在这群人中比较冷静,当他看到自己的弟弟小强也跟着他们沦落时,心生无限感触。由于一次开车事故,薄乐卡与他们的大哥被杀,他们与大花猫和猪油糕藏在小妖的婆婆家中。由于经济短缺,他们一方面要大花猫和猪油糕出去接客,一方面求助于顶爷。不想顶爷报警,把昏迷抓走,大花猫和猪油糕被另一帮少年掠走。逃生的大强和昏迷放火烧了对方的地盘,对方帮会不甘吃亏,追杀他们,并祸及了家人。。