第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。恶霸万光华因见周神医不能救其子一命而要杀其全家,自己反被侠士小白龙所杀。华之师弟万冲本乃汪洋大盗,他杀掉即将上任的官员黄伯文,然后,假扮他令旧官程伟明护送官银。途中冲派人抢银,龙现身救明,并将官银送返明家。不久冲将龙及明生擒,忽又有蒙面人相救。此人为伯文之子后成,欲与龙,明连手杀冲报父仇。冲聘武林高手对付他们。龙中暗器昏迷,成找神医相救,自己却被冲捉去。神医嘱龙勿杀冲,因其师老道人必会报仇。但龙仍坚决前去。明救出成,成与龙大战冲,老道人出现,三招了亦尾随而至,三招过后他丢下帽子离去,龙明白三招了要暗示老道人死穴所在,他遂以剑插其头顶,成亦亲手杀冲,为父报仇,龙继续上路锄强扶弱。。