1937年深秋,为躲避战乱,中国医生成贤(秦汉 饰)携带怀有身孕的日本妻子理惠子(早乙女爱 饰)和孩子从上海逃到南京老家,他没想到南京也差不多快被侵华日军夷为废墟。被告知可以进入欧美列强势力保护的安全区避难时,成贤认为自己与难民身份不同没做理会,投靠了老朋友继续行医。以小学教师刘天琴(刘若英 饰)为代表的同胞的悲剧令他震惊愤怒,但他认为自己首要任务不是反抗暴敌而是尽职做好一名医生。
同年冬天12月13日,南京全面沦陷,日军开始在南京疯狂烧杀淫掠,成贤终于意识到日军的残酷麻木,让妻子先行一步去安全区躲避,自己则留下来继续救死扶伤,他不知道的是,安全区早已名存实亡,而要反抗时,他发现已无可能。。本片由三个故事组成:
故事一《头魂》:讲述年轻警察负责看守一宗无头女尸案的现场,竟然发现了案情的真相跟管理员七叔有关。
故事二《撞鬼》:年轻夫妇开车撞死人后逃走,结果被鬼魂一直纠缠,把夫妻俩捉弄得苦不堪言。
故事三《最后晚餐》:老母亲逝世了,她的儿子、媳妇、孙子孙女十分不孝。母亲在三七之夜回到了家里,原来是牵挂着自己的孩儿。众人才能感受到老母亲的爱,但已太迟。。海军东江基地驱逐舰舰长鲁淮成率舰出海,临走前把妻子高明艳和刚出生不久的女儿托付给老战友郑冀一家照顾。郑冀驾测量船出海,因指挥失误导致工程师高明艳牺牲,刚刚出生的女儿也被偷走。不久郑冀转业回乡。十几年后,郑冀的儿子郑远海为了实现父亲当年的愿望,大学毕业入伍来到海军东江基地。鲁淮成没有发觉郑远海就是郑冀的儿子,对才华横溢的他大加赞赏。为了改变郑远海狂傲的性格,出乎意料地安排他去猪场喂猪,郑远海大发其火。在鲁淮成的安排下郑远海报考了舰艇学院研究生。郑远海也终因性格莽撞又一次付出代价,在八号海域差一点导致军舰触礁。走向成熟的郑远海从国外学成归来,几年后成长为一名护卫舰舰长。鲁淮成退休了,在女儿梅杏儿的陪伴下为即将率队出访的郑远海送行,在郑远海指挥的旗舰带领下,特混编队消失在海平线上,留下了一条永不消逝的航迹。。