《三国志》,是围绕公元200年左右,中国后汉时期,魏蜀吴三国争夺天下霸权、群雄割据的相关史实整理而成。这次的电影则是同时担任剧本工作的福田导演,在《三国志》的基础上,增添了新解释的作品。。应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。威尼斯,这个古老绵城市,在未来的某一天不幸地被大水侵蚀。政府组织了一支突击队准备进行救援工作,奇怪的是,此次救援工作却成了一次地下战争在地下通道里,发现了一群怪物,更严惩的是突击队员们依个遭到残害,结果, 科学家们在研究中发现,一种奇怪的现象在隐隐地影响着这座城市。就这样,整个城市的人们都面临着危机,和这种奇怪而又可怕的东西展开了激烈的斗争……。