故事聚焦在妮可和查理这对夫妇身上,查理是一个独立的戏剧导演,而妮可是一个有着远大抱负的女演员,夫妻两人的艺术追求却导致彼此越走越远。
问题到底出在哪里?妮可去洛杉矶参加拍摄一部电视剧,也正是这时候开始,他们两人商量要离婚。两人有一个儿子,而身在纽约的查理对儿子的探视权和监护权就成了问题。
种种问题导致这对夫妇走上了一条激烈争吵和付诸法律手段的道路。。1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。