川口名人和亚伦.亚当斯为了测试对战系统新安装的自动操纵模式,来到矢岛企业的研究开发室。自动操纵模式是使用历代高达作品中登场驾驶员的模拟人格AI,让不懂操作技巧的人也能轻易进行高达模型对战,是一种划时代模式。名人使用惊异渣古的后继机弹道渣古,亚伦则使用再生高达的特装机逆生高达。两人各自选择了AI,即将展开一场梦幻般的高达模型对战。。1991年,香港黑帮龙头倪坤被杀,倪氏家族旗下五大头目中除韩琛外,均伺机背叛发难,不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝不费一兵一卒牵制,此举引来重案祖督察黄志诚的戒心,使其派出警校学生陈永仁渗入倪家进行长期的卧底工作,而韩琛为了巩固势力,早在警察内部安插了线人刘建明。三年后,事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧,决意将五大头目一举歼灭,却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
1997年,大难不死的韩琛重出江湖,为替死去的同事报仇,黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜,不久却发现此举铸成大错,而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明,则在无间道的路上越行越远。。