故事发生在东京八丈岛近海,一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网,来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……
与此同时,柯南一行人前往八丈岛观鲸,途中柯南接到冲矢昴(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时,一桩案件突然发生!一名女工程师被黑暗组织绑架,她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中!
此时,水下传来未知潜水艇逼近的声音,令人毛骨悚然,一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……。消失三年的“鬼手”及其盗墓团伙重现江城,再次堪舆点穴下墓摸金。怎料,四名盗墓贼在开棺之时遭遇惊魂邪煞,逃离墓葬之后又接连惨死家中。古墓“尸毒”和命宫印堂之上的分魂针孔,成为留给警察沈春合仅有的查案线索。看似普通的盗墓案,瞬间扑朔迷离,疑点重重。四人是盗墓太多自食报应丧命,还是分魂针所指的换命转病,遭人蓄意谋杀?盗墓掌眼“鬼手”的神秘身份,更是牵出陈年谋杀警察旧案。沈春合联手法医韩冰,解剖验尸身、下墓取尸毒、棺材店中破邪术、纸扎店里缉真凶。。第二波“净化”开始了,石丸、樱井、岸、甲斐、李等日本政商界要人们按照名单顺序逐个被杀。然而,日本政府坚决贯彻不屈服于恐怖分子的态度。警察、对亚特选群、自卫队、美国国防部,还有亚人管理委员会官员户崎和高中生亚人永井圭,都在暗中潜伏着。亚人过激派集团也终于开始行动了。史上最恶最凶的恐怖分子佐藤的真正目的是什么?阻止佐藤的又会是谁?。