真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场,真道所乘坐的客机正准备起飞时,空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化,并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。 从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳,试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道,接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面,日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人?而他的目标又是什么?。“毕德曼慧星”正朝着地球飞奔而来,给人类致命一击。当局紧急行动,研究出一个最佳方案——由宇航员坦纳驾驶“弥赛号”飞船飞往慧星,把预先准备好的核弹放置到慧星上面引爆,以令它化成碎片或是改变轨道。坦纳英勇地完成了任务,却发现并没有取得预期效果。慧星碎成了一大一小两部分,向地球步步逼近。
当局迅速采取最后的行动,用“诺亚方舟”计划保住包括人类在内的一些地球物种。这是一个秘密的地下庇护所,只有少数的人可以在这里避开大劫难,等灾难散尽后方重建世界。较小的那部分慧星已经撞向地球,引发山崩地裂,一片世界末日的景象。而跟随其后的大慧星给地球带来的毁灭程度,将远远超乎人们想象,力挽狂澜的人类进入了倒数时刻。。