掌控日本国家未来的御前会议上,众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”,神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后,暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫(户田惠梨香 饰)和濑文焚流(加濑亮 饰)负责。调查途中两人接到志村美玲(福田沙纪 饰)的求救电话,赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子(栗山千明 饰)不期而遇。当麻将美玲带回未详系,原本已经死去的阳太/一十一(神木隆之介 饰)竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手,当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下,普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中,当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现,黑暗降临的未来是否终将无法避免?。从南美雨林区前来法国访问的僧士,意外地在电梯中撞见一名无所事事的法国人培林,他对培林一见如故,尽管培林态度冷淡、意兴阑珊,他还是让僧士睡在他旅馆房间里。第二天当正式参访活动进行一半时,僧士竟意外心脏病发作,紧急送医后不能言语的他,坚持要见培林一面,心不甘情不愿的培林只好前往医院。打从这两个人见面在电梯撞见那一刻起,仿佛一切就像命中注定似地,现在要说厌恶对方,大概是很难了……。