革命历228年,冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德(入野自由配音)迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度(松风雅也配音)的决斗。成濑幸也(松冈祯丞配音)制造的炸弹虽然摧毁了帝国1/3的战斗力,但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊,获胜希望渺茫。关键时刻,骑士团下的阿修罗队队长阿修雷・阿修罗(寺岛拓笃配音)临阵倒戈,加入阿基德他们一方。决战前夕,阿基德剪下自己的一撮头发,交到蕾拉•玛露卡尔(坂本真绫配音)的手中。 历经战火的洗礼,他们之间的关系悄然发生着改变。希望还是绝望,前路迷茫……。三名科学家在非洲大陆发现了一种神秘的矿石,这种矿石具有极强的杀伤力。就在这三名科学家携带矿石返回的途中,美国中央情报局派出了由11名来自不同国家的特种兵组成的特别行动小队将科学家和他们成果劫持了。
情报局内部出现了内鬼,想把这一成果据为己有。于是,他命令负责接应的飞行员制造了一次空难,以此来杀人灭口和掩饰其已夺取的成果。特别行动小队几乎全军覆灭,只有队员杰克侥幸逃生。
当杰克被当地的土著救活时,他因剧烈的碰撞而丧失了所有记忆,自己的名字、来历通通都一无所知。他逢人只会问“我是谁”。为了查明自己的身世,杰克回到了纽约……。