革命历228年,E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)和中尉阿基德(入野自由 配音)在巴黎期间化险为夷,将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军(石冢运升 配音)的11区日本少年成濑幸也(松冈祯丞 配音)、佐山流(日野聪 配音)和香坂彩乃(日笠阳子 配音)招募到W Zero部队。在另一边的帝国内,信·修加·夏音度(松风雅也 配音)成功篡位,被封为圣米迦勒骑士团的团长,即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感,时刻密切监视着他们。不久,联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往,等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……。自称为“狂妄的疯狂科学家”,至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的,是即使多次过去改变(世界线移动)也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光,是不论谁也不会死亡的未来,称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团,冈部终于到达了“命运石之门”。可是,跨越了众多世界线的冈部的脑袋,开始出现了庞大的”负荷”……。讲述在“神化”时代的东京,充斥着无数的英雄——“超人”。他们的诞生理由各有不同。既有被邪恶组织改造的人,也有来自宇宙的人。既有来自魔法世界的人,也有来自古代、身为妖怪而生的人。既有被科学家制造出来的机器人,也有超自然的史前机器人。对于这些超人的跋扈,日本政府绝不打算坐视不管——。