樋口健太郎(泽城美雪 配音)的双亲在幼年时因车祸而去世,性格内向沉默寡言的他在学校里并不活跃,唯一的好友便是外表帅气成绩优秀的绫小路天(斋贺弥月 配音)。某日,一个叫做美纱(田村由里香 配音)的女孩出现并改变了健太郎的生活,她住在健太郎的隔壁,性格活泼又开朗,而她的真实身份,居然是实习天使。
美纱的开朗渐渐的感染了健太郎,而此时,外表可爱的实习恶魔紫亚(野上由加奈 配音)也来到了人间。个性迷糊的她失去了自己的记忆,寻找这段记忆,即是她此行最大的目的。健太郎和他的天使朋友们度过了一段有笑有泪的美好生活,然而,令他想不到的是,转眼间,注定的分别就已经来到了眼前。。接连一段时间内,数名女子遭到连环杀人犯的屠杀,每个人身上都被留下残忍的烙印,她们之间的共同点是都曾在网络聊天室与人交流约会,似乎有某个变态的男人利用虚拟空间实施惨无人道的罪行。这一天,名叫茱利亚(薇勒瑞·艾兹琳 Valerie Azlynn 饰)的女孩与一位陌生网友(凯文·索博 Kevin Sorbo 饰)见面,但也许是冥冥中嗅到不祥的气息,交谈到一半时茱利亚起身告辞,可是她还没来得及走远便被对方抓住,胁迫着来到这名男子的住所。没错,这个男人正是一系列连环杀人案的始作俑者,他听着美妙的音乐,分外享受每一次杀人的过程,好像这是一门无上的艺术。
只不过此次遇到的女孩似乎有些特别,一次次逃跑,一次次拳打脚踢,在这一过程中,茱利亚心底的暴虐本性慢慢被杀人狂所激活。猎人还是猎物?谁也搞不清楚……。故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。