旧时代上海滩,群雄割据,鱼龙混杂,各处势力独占一方。在这一混乱的时代,有这样一群人,因有十三位,处事神秘且武艺高强被世人所知,称之为“十三太保”,而对于他们的真实身份却鲜有人知。时值一九三五年,国民政府与日本签订丧权辱国的《淞沪停战协议》,举国震动,民心不安。国仇之下,顾明觉登报广发“忠义令”,召集天下豪杰,然事情的发展并没有想象中那么一帆风顺……。香港出现神秘自杀事件, 死者在手机视频直播下自焚而死,而在场唯一的目击者却坚称自己当时失去了记忆,并且否认与自杀事件有关。警察重案组接手调查, 所有证据都指向目击者是自编自导自演, 教唆他人自杀的真凶。由于自杀视频的流出,造成公众恐慌,警队高层希望在证据确凿之下尽快结案,以释公众疑虑,但唯独督察黄一聪觉得事有蹊跷。一聪在请示上司后,决定再次对事件展开调查......。1865年夏的京都,德川幕府创建的法度森严的新撰组遴选新队员,下级武士田代彪蔵(浅野忠信)和美少年加纳惣三郎(松田龙平)因剑术出类拔萃被选中。初入队,加纳即出色地完成处决破坏法度的队员的命令。
队中有人传言加纳和田代是一对,同时加纳与另一队员汤泽藤次郎也保有暧昧关系,不久,汤泽被杀,几番带加纳去欢场的山崎也遭人偷袭,新撰组正负组长近藤和土方(北野武)根据现场留下的短刀将田代定为凶手,并命加纳前去讨伐田代,然而实际上,一切死亡事件都系加纳精心策划,他的美貌已经使整个新撰组陷入混乱中。。