省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。。非洲安哥拉共和國,一個家族三代女性,過去與現在交織的故事。納由拉為了尋找失蹤的丈夫深入戰場後失去音訊,留下女兒雅拉和祖母相依為命。數十年後,失去母親的雅拉長大成了一位叛逆的青少女,用饒舌歌抒發對社會的反叛與憤怒。某天晚上,一位戴著面具、手拿大刀的人入侵了她們家,這個突如其來的神秘入侵者,為原本平靜的生活起了漣漪。。史无前例的强大病毒席卷整个国家。一起疑点重重的事故导致的后果是,在现场的所有人都在经历过2天的潜伏期后死亡,死亡率高达100%!为了应对这谜团重重的病毒,成立了“特殊传染病防治小组”来寻找解决之道,且调查其背后的真相。小组的成员李明贤(严基俊 饰)在调查的过程中,愈发觉得这起病毒事件远没有想象的那么简单。而这时他们又发现,当时在现场的还有名幸存者,为了防治更多的人被感染,明贤一直在追踪这名幸存者金仁哲(金显佑 饰)。于是一场猫鼠游戏开始展开,而明贤也在追踪的过程中,疑似感染上了病毒。
面对越来越恶劣的大环境,最终的真相究竟如何……。