故事围绕两个13岁的男孩展开,他们的关系长久以来非常亲密,但同学之间对他们的关系产生猜忌,使他们不得不分道扬镳。而当一场悲剧发生时,其中一个男孩被迫面对他为什么与他最亲密的朋友疏远。。《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球,此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突,在这血腥风暴之中,美国特殊情报部队「克拉维斯(クラヴィス)」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗(ジョン?ポール)」的美国人参与其中,约翰路过之处必定掀起腥风血雨,这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么? 剧场版动画《屠杀器官》根据早逝的天才科幻小说作家伊藤计划的同名小说改编,由富士电视台的noitaminA节目企划,manglobe制作,将于2015年10月上映。。故事发生在一座名叫玻璃浦的海滨小镇上,帝都大学物理学副教授汤川学因公来到此处,入驻了名为“绿岩庄”的旅馆。在旅馆里,汤川结识了名叫恭平的男孩,奇怪的是,平常一接近小孩子就会浑身起疹子的汤川这次竟然安然无恙,这让敏锐的汤川对恭平产生了兴趣。
冢原正次的尸体被发现于岸边的碎石场上,他生前亦是绿岩庄的客人,为了寻找一名叫仙波英俊的杀人犯而来到玻璃浦。尽管冢原的死充满了疑点,但警方依旧判断,这只是一起意外坠落事件。为了调查事件的真相,岸谷美砂随同僚们赶到了玻璃浦,让美砂感到奇怪的是,一向对案件避之而不及的汤川竟然主动请缨要求协助调查此事。。