突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。 意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的,便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力, 被称为“子体”的兵器。 负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。 因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”, 他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。 身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬,还有一心向往天空的少年, 两人漫长且炙热的故事就此展开。。在青梅竹马毛利兰的鼓动下,工藤新一半推半就地乘上了飞往京都的飞机,去观摩那里正在拍摄古装剧的毛利小五郎的表演。飞行途中,名叫一名摄影师毙命于洗手间,引起乘务组的恐慌。于是工藤新一就在1万英尺的高空展开了推理。好不容易来到京都拍摄场地,关于男主角樱庭的谋杀预告传来,不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次展开了精彩的推理对决。。