1943年秋天,东北被日本鬼子侵占了,东北抗联部队奉党中央之命参加抗日战争,二方为扩充各自的势力,都对着狼窝山上的土匪窝相互较着劲。而土匪头目许金贵带着宁做鸡头不当牛后的思想,最终在日本鬼子劝降不成而被日本军恼羞成怒地把狼窝山给毁灭了,使得从抗联部队前来的党代表赵彦、老李头也被当作“肉票”关进集中营。关进集中营的日子,鬼子的残忍变本加厉。一个大风大雨之夜,由赵彦等人策划的越狱暴动开始了,冲出层层重围的赵彦、许金贵、“马脸”、金娃、龟田等人飞奔着越过中苏边境,刚刚逃出,却又被苏军部队瓦丽娅抓住,被投进苏军监狱。不久苏联政府准备对日宣战,美国在日本的广岛、长崎投下了原子弹,日本无条件投降。赵彦终于和瓦丽娅在一起了。但由于没有《侨民证》和《国民证》又得面对新的流亡。在贫病交加和生活极端的困境中,赵彦他们在辗转流亡了十来个年头,再也无力与死神抗衡,长眠于西伯利亚的土地上。许金贵在坚持下,回到了祖国的怀抱,当他再次来到当年逃过边境的那片洼地时,山野到处盛开着烂漫的山花,而山谷里却静得听不到一丝风声。。明治十年,剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨,甫至此地,便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端,且因此结识了正直的武士时雨泷魁,他们很快成为好朋友。 时政治格局仍动荡不安,诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者,明治以前,他曾是佐幕派彰义队的领袖之一,其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下,而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。 造物弄人,让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面,野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……。