幸存者们发现岛上存在神秘建筑入口,在杰克(马修·福克斯 Matthew Fox 饰)的带领下进行探索,强制进入舱门后,发现里面竟然有人,且是杰克曾经在现实中有过一面之缘的戴斯蒙德(亨利·伊恩·库斯科 Henry Ian Cusick 饰),如同看到救星一般,戴斯蒙德留下一串数字密码便跑掉了,而杰克一行则需要接替他的任务——每隔108分钟输入密码以关掉警报。在舱门中,幸存者们找到充足食物,也由一卷录影带了解到这座孤岛的背景,似乎和某个失败的实验有关。另一方面,扎起竹筏试图离开岛屿的迈克尔(哈罗·佩里纽 Harold Perrineau 饰)等人并没有成功驶向深海,而是被潮水带到岛的另一边,发现还有一群机尾的幸存者,他们挟持着迈克尔等人慢慢向营地靠近……。「思い出して、翅(はね)があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──! 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体! GO、アクエリオン!」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...。