某日,东京一处房屋失火,房屋主人小林雅文(村木仁 饰)生不见人,死不见尸。小林是一名怪奇作家,他经常到传言闹鬼的地方体验采访,著书立作,同时还是一名电台灵异节目的主持人。他的失踪引起人们广泛猜测,而其留下的DV素材则称为寻找其下落的关键所在。
录像带中,小林曾拜访过一位中年妇女石井潤子(久我朋乃 饰),石井声称在隔壁经常能够听到婴儿的哭声,而那户人家根本没有小孩。在采访结束后不久,石井遭遇车祸身亡。小林坚信这起事故背后另有隐情,他由此展开更为深入的调查。然而调查越深入,离奇诡异的事件越来越多,而恐怖的真相也渐渐浮出水面……。卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……。