故事取材自《西游记》第五十七回“真假孙悟空”,讲述孙悟空中了黄眉老怪的奸计,被关押至一座神秘洞穴之中,法力全失、金箍棒也被收缴。黄眉老怪在这神秘山洞中建立了难以撼动的强大军队,囚禁着各路妖怪,在得力战将牛魔王的帮助下,设立了生死场,让小妖在此拼杀,死了的便夺走其灵力,将灵力灌入泥巴造出了六耳猕猴,试图取代真正的孙悟空,洞穴成了残酷的杀戮战场。六耳猕猴假扮花果山猴子,与孙悟空朝夕相处。孙悟空在洞穴中受尽欺压,曾一度陷入绝望,习惯单打独斗的他被迫与众妖联手自救,在一次次的失败中逐渐悟出“大圣”二字的真正含义。最终,被取走石心的孙悟空涅槃重生,与黄眉老怪决一死战,并率领大家逃离山洞。。1966年,从新加坡返回香港想忘掉过去的周慕云住进东方酒店的、同他曾经熟悉的数字2046只差一号的2047号房,开始了他的卖文生涯。眼前、曾经在他身边出现过的一个个女人经过他大脑的过影后,令他对时空产生疑惑,不但忘不了过去,一幕幕往事反而更加挥之不去。
为了与过去作更好的告别,他将生活的点点滴滴化为文字,写下小说《2046》(说只要搭上了前往2046的列车,人们就可以找回失去的记忆)。。五十年前出现了鸳鸯二妖,被八仙收服后当地乡镇取名八仙镇,这是一个说书人对小镇的介绍,而突然出现的妖怪吃了说书人,众人惊慌请人做法,而这竟是一个骗局。另一方面小镇不断的失踪人口,四名捕快一无所获,直到两伙人的接触,阴差阳错的当起了保卫小镇的冒牌八仙,而这是一个骗局,还是真的有妖怪在作祟。。