2013年6月,一个由考古学家组成的国际团队宣布了一个重大消息。他们发现了一个失落多年的城市景观,就在柬埔寨丛林的深处,接近令人震惊的12世纪时期的寺庙吴哥窟。这里曾经是一个繁华的大都市,人口达到100万,曾是强盛的高棉帝国的首都。考古学家通过尖端的机载激光扫描技术发现了一个大规模的城市区域,这里由道路和运河连接,并且分布着神秘的拱形结构,考古学家认为它们的下面应该是寺庙。《丛林中的亚特兰蒂斯》摄制团队获得特许,跟随考古队深入丛林探访这座被遗忘的城市。他们的工作将有助于分析这个伟大文明的起源和繁荣。他们将试着解决长久以来存在的谜团:为什么在600年的统治之后,高棉人将伟大的城市、皇宫和寺庙舍弃于丛林之中。。在一个女子高中里面,女孩们吵吵闹闹,女孩们嬉笑怒骂,女孩们交换著日记,日记里写满了自己年轻的心事和不为人知的秘密。带著阳刚气的孤僻田径队健将和才华洋溢的钢琴手之间就有一本交换日记。钢琴手在日记本中写满了秘密,在同学眼中的这两个边缘人发展出一段暧昧脆弱的同性恋情。然而田径健将对这份感情的闪避且最终提出分手伤了钢琴手的心。一天她从学校顶楼跳下身亡。自此学校怪事连连。。越战后期,美军上尉威拉德(马丁•辛 Martin Sheen 饰)奉命沿湄公河而上,搜寻脱离美军在柬埔寨建立了自己的王国的科茨(马龙•白兰度 Marlon Brando 饰)上校,将他带回或杀死。科茨上教曾经是美军在越战中的英雄,战功赫赫。然而,忽然有一天,他失踪了。随 后,情报指出他在柬埔扎建立了自己的王国,自己的军队,专门反对美军。
威拉德与几名士兵一路沿河而上,途中他们目睹了种种暴行、杀戮,目睹了无论美军士兵还是当地人在长期的战争中精神扭曲,做出的种种非正常的行为,威拉德感到了极大的震撼。
威拉德最后在柬埔寨科茨的王国中被当地人捉住,见到了科茨。然而,科茨竟欲求一死,叫威拉德将这里炸为平地……。