1992年,一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员,他们要求直接与日本首脑对话,敦促日本尽快消灭哥斯拉,防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎(丰原功补 饰)在未来写过《哥斯拉诞生》一书,其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载,未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典(佐佐木胜彦 饰)以及国家超科学研究中心成员三枝未希(小高惠美 饰)乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛,试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功,但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后,可怕的危机遽然降临……。拥有绘画天赋的阿明为令相爱多年的女友美仪过上优渥的生活,放弃成为艺术家转做挣钱较多的职员。他没想到的是,自己为梦想的未来辛苦打拼时,美仪竟背着他结识了比他有钱的男人,两人分手。而感情受挫更令他工作严重失误而被辞退。
为了有新的开始,阿明换了居住环境,结识房东小蕾,后来又成为她的同事,而工作中他的绘画才能也因偶然机会被老板赏识。朝夕相处中,阿明与小蕾生出感情,小蕾的哥哥也极力撮合两人携手同行。但这时美仪杀来回马枪……。