本片主要讲述“控时者”王晓明带领“送货人”小组打开时空门,将“纳米球”送回未来时空,粉碎AI(人工智能)阴谋的故事。纳米球是未来科技,内部储存着纳米机器人,被AI带到现实时空试图通过大量复制加快AI的发展速度,改变历史轨迹,最终得以在未来时空消灭人类。。幕末的德川幕府,因列强的压迫下,力量衰减,从此一蹶不振。就在此时,由芹泽鸭、近藤勇、土方岁三、山南敬助、冲田总司等人组织了“新选组”共同保卫幕府的政权。浪人山崎烝(市川雷藏饰),因被新选组局长近藤勇(城健三朗饰)的个人魅力所折服。不顾伴侣的强烈反对下,踌躇滿志的向新选组毛遂自荐,要求加入。随之山崎以他超群的剑法,很快的得到近藤和土方等人的信赖,而前局长芹泽鸭在新选组内部革命时遭到了处决,正好被山崎见状,从此对新选组有所顾忌,“池田屋事件”中,山崎为了保护的同伴,不得不举刀来对抗在池田屋的讨幕人士,事件之后他放弃了以前的伴侣,随着新选组扬长而去。。