机器人9号突然醒来,发现身边的世界充满危机,四处残败,一片末世景象。9号带着一个画有三个奇怪符号的圆形物体逃到街上,幸遇发明家机器人2号给自己装上了声音,但2号却不幸被机器怪兽抓走。9号找到了老兵1号、机械工5号、疯癫画家6号和大力士8号。9号与5号擅自出行援救2号,危急时被女武士7号救下,但无意中9号却令终极机器兽复活。带着自己从哪里来以及生存使命的问题,9号决定想尽办法制服机器兽,拯救全世界……。都内で、遺体に「X」の痕跡を遺す殺人事件が発生する。事件を担当するはずだった刑事・安堂源次(安田顕)は捜査から外された。かつて自身の妻が被害者となった連続殺人と同じ犯人の可能性が高いからだ。そこで捜査本部には内密に、天才科学者と云われる神保仁(田中圭)に捜査の協力を要請する。事件の解決に全く興味を示さない神保。何よりその奇想天外な行動と言動に源次は振り回される。しかし徐々に息の合い始める二人。そして二人の孤独なDNA捜査は、捜査本部も気づかなかった「ある痕跡」を見出す。そんな中、「殺人鬼X」による更なる殺人が起きてしまう…。。