张凡在一个晚上竟然遭受了外星生物的袭击,在清洁工阿乐和神秘女子安娜的帮助下才得以逃脱。这俩人都自称是专门处理外星人事项的组织——“有关部门”的特工,他们告诉张凡,他曾经是组织中的王牌——“特工Z”。如今地球陷入外星入侵的危机,唯一能拯救这个世界的就是曾经属于特工Z的“立方体”,但张凡随之发现两人另有目的,失去记忆的他,只能一面寻找自己失去的记忆,一面从曾经的视频里寻找线索。找到“立方体”之后,他发现阿乐是伪装成人类的外星人,安娜是想要清除所有外星生命的极端特工。两人为了各自的立场利用了张凡,达到自己认为"正确"的目的。双方剑拔弩张之际,张凡站了出来,巧妙化解了俩人的矛盾,只是他这才发现,俩人的背后都牵扯出了更大的势力……。公元2220年,曾经为了保护地球和人类的大和号已在水瓶之海中沉睡了17年之久。而经历了较长一段和平时期的地球,却正面临最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞以极快的速度向太阳系靠近,人类赖以生存的蓝色星球行将湮灭。为了寻得一线生机,人类开始实行浩大的移民计划,借助运输船的帮助,人们分批向塞拉姆星系的阿马尔移民。然而在这一过程中,运输船被星际国家联盟的外星生命视作侵略者,继而遭到毁灭性的打击,古代进的妻子阿雪也在最近一次护航行动中失踪。离地球毁灭不足一个月,古代进临危受命成为第三次移民团的护航舰队总司令,全新的大和号也在这次移民中复活登场……
本片根据松本零士的同名原著改编。。