在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后,地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他...。杀手小庄在一次暗杀行动中误伤了歌星珍妮,令其双目接近失明,自此,深感内疚的他开始暗中保护、帮助珍妮,并想趁她眼睛完全失明前筹一笔款送她去国外医治,为此,小庄铤而走险再当杀手,不想任务完成后不但没收到钱,反被雇他杀人的汪海派人追杀。奉命侦查相关命案的警探李鹰在查案过程中知晓事情另有隐情,小庄并非冷血杀手,开始同其惺惺相惜,而在应对汪海势力的追杀中,两人更是结成生死之交。然而小庄的命运,似乎是被注定了。。