柯南、灰原、步美、光彦、元太随博士露营回来,他们绕道去参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎恰巧也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀,携小兰、园子参加开幕典礼。参观期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查,发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时,他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。开幕酒会上,美绪作画时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本戴在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接着,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。。本季讲述为了寻找辛灵留下的秘密,大家来到了花蕾堡,却意外被锁在了宝石盒子里。大家团结一致,众志成城,不懈努力的寻找失踪的伙伴罗丽和王默。终于在大家齐心协力下,好朋友又重新相聚在一起,同时彼此之间的友谊也变得更加深厚。
本季动画片主要给小观众传达友谊就是力量的信念,相互帮助,团结一致就能创造奇迹。给小观众们构建一个和谐友爱、互帮互助,充满善念的精神家园。只要友谊永存,未来世界就一定是光明的。。