1937年一名女子被发现死于狐狸塔下,凶手几乎将她残忍地杀害。而警方的调查则草草锁定了几个嫌疑人:一名黄包车夫与一位神秘男子。北平警长方也生报告,尸体被掏空的心脏则难免让人联想起神秘的宗教祭祀活动,如果真的是祭祀,又是有多大的仇恨才要把一个无辜的女孩虐杀致死呢?人们不得而知。历史迷雾重重,这个曾轰动北平的案子藏在时间的尘埃里,而使其浮出表面的却是这个不起眼的注解。。清末,宝芝林所在的广东地区出现饥荒,不料朝廷的赈灾银两却被一伙不知名的贼人所劫。黄麒英和知府到现场查探,根据在案发现场得到的蝙蝠形状的飞镖,判断此案有可能是江洋大盗黑蝙蝠所为。
真正的黑蝙蝠(李淮南)知道自己被人嫁祸,也带着跟班梁宽来到广东,希望暗中调查,为自己洗脱冤屈。他一方面以医生的身份救济灾民,一方面以黑蝙蝠的身份,劫富济贫,暗夜来到各大商行和知府家中,逼迫他们捐出银两,来解除广东的灾情,商行和知府惶惶不可终日,只得捐出大量银两。
其实,假冒黑蝙蝠,劫走赈灾款的幕后真凶是八王爷,他企图用劫来的银两购买武器,为其日后疯狂的计划做准备,谁知真正的黑蝙蝠以及朝廷神捕杨长风都来到了广东追查此事。
神捕杨长风决定使出暗度陈仓的计策,假意让人押送银两,实则是为了引出黑蝙蝠。押送银两的队伍出发后,李淮南担心假黑蝙蝠再伺机抢劫,便带着梁宽也暗中跟随保护银两,并遇到了八爷手下的红玉一伙人。
最终,黄飞鸿为李淮南洗清了冤屈,黄飞鸿也因此受到了朝廷表彰,杨长风则放走了李淮南,随便抓了一个劫银的贼人当作黑蝙蝠,回京复命。李淮南则准备远渡重洋学医,把梁宽托付给了黄飞鸿,继而黄飞鸿收了梁宽做徒弟。。