2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。亚当(马丁·巴赫 Martin Buch 饰)和妻子结婚多年,两人之间的感情早就已经被时间消磨的所剩无几。一天,亚当听闻了有一家换妻俱乐部,于是决定去探访一番,以找回往日的激情。在俱乐部里,亚当邂逅了名为派翠西亚(娜塔莉·玛杜诺 Natalie Madueño 饰)的美丽女子,被她迷得神魂颠倒。 派翠西亚和男友帕特里克(埃米尔·伯克·哈特曼 Emil Birk Hartmann 饰)一起来到俱乐部,两人为的就是寻求刺激。这一对俊男靓女自然受到俱乐部里其他成员的追捧,然而,帕翠西亚却发现,相比起女人,自己的男友似乎对男人更感兴趣。腰缠万贯的富豪杨恩(拉斯马斯·伯托夫特 Rasmus Botoft 饰)和太太也来到了俱乐部中,想不到这疯狂的举动却让他们找回了曾经的真心。。