故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。月凝湾地脉被毁之后,意外打开妖界通道,俏如来等人在解决仙岛之乱后,为追查彤后手中奇异兵器,决定进入妖界。妖界之中三大势力,彼此争斗多年,来无影去无踪的神秘幽灵船肆机而动,劫海之中暗潮汹涌,谁才是最后的胜利者?戮世摩罗又在这之中扮演何种身份?俏如来能可化解妖界纷争吗?身为鬼尊的苗貍,身上又藏有什么秘密呢?。十年前,女主被霸凌欺辱,那些嫉妒她的人用利刃一刀刀划破她的脸庞,她换脸归来,这一次她步步筹谋,势必要让当初所有欺辱她的人都付出最惨重的代价!。