再过二十年我们来相会
10 年前
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将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再像以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！。锦毛鼠白玉堂因不满展昭被赐御猫封号，同结拜兄弟“陷空岛五鼠”在东京火神节上盗取火神像，以此羞辱负责巡防治安的展昭，不料二人在争抢火神像时，火神像居然“睁眼”流出诡异液体，祭祀大典和整个烟花坊突起水浇不灭的大火，无辜百姓被烧成灰烬，百姓皆言锦毛鼠触怒火神引来火刑天罚，开封府全城通缉陷空岛五鼠，锦毛鼠被陷害誓言要找到给火神像动手脚的神秘人，展昭从祭祀大典的烟花里发现了遇水则燃的赤焰枯磷，而紧接着负责火神节烟花表演的商人崔十、烟火坊龙婆都自燃而死，锦毛鼠和展昭都查到死去的二人和二十年前烟花坊的一次爆炸案有关，而那场爆炸案的幸存者肖炎为了复仇正打算炸毁东京城，白玉堂和展昭联手追凶，使得东京城免遭厄运。。
