正当Keroro小队们向着第四年TV动画进发时,其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2深海的公主、是也!》即将于3月17日开始在日本上映。继宣扬“友情”最高的第一弹剧场版结束之后,此次剧场版将大力宏扬伟大的家族之爱。 终于水之惑星马隆星开始了对地球的侵略。马隆星的末裔Meru王子和他的随从Maru,常年2个人生活的他们决定寻重建他们的世界,于是他们开始寻找公主的候补人选。而被选中的竟然是Keroro小的队所居住的日向家的长女,日向夏美!Keroro一行开始向着深海所在的秘密王国出发,解救被掳走的夏美。。预科学校若智书院有一群成绩堪忧思想活跃的学生,校董家的谢天与谢地兄妹凭借老爸身份,即便留级也不担心学业;绰号水电工的嘉明为人老实,暗恋同学白逸梦,而白逸梦满脑子言情幻想,全然没有留意;李时珍因为在南太平洋群岛旅游,耽误了开学日,在旅游期间,李时珍结识了香港青年戴运河,运河对时珍一见钟情,不顾家人反对退掉美国大学,赶到香港入读若智书院。运河的到来令谢天大为紧张,谢天属意时珍日久,和死党吴成材一直无法打动芳心,但也不能容忍运河插手。校园内一时掀起了一场多角恋爱的争夺。校董面对恶作剧的学生们大为光火,聘请军校老师对书院进行军事化管理,这引发了学生们的空前团结……。