1992年,一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员,他们要求直接与日本首脑对话,敦促日本尽快消灭哥斯拉,防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎(丰原功补 饰)在未来写过《哥斯拉诞生》一书,其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载,未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典(佐佐木胜彦 饰)以及国家超科学研究中心成员三枝未希(小高惠美 饰)乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛,试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功,但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后,可怕的危机遽然降临……。古槐村狗子娶妻生子,儿子出生那天,狗子却离奇受伤,最终伤重而死,下葬之际,狗子却突然活过来。自狗子死而复生,村中便开始怪事不断:无论人畜,都莫名其妙被掏空内脏,死状惨不忍睹;狗子爹娘和儿子相继死去,村里冤鬼夜夜哀嚎;狗子媳妇发疯,如行尸走肉般在村里游荡。整个古槐村笼罩着一股阴森恐怖的气息。不久六叔也离奇受伤,几日内便七窍流血而死。唯一通阴阳之人死去,古槐村岌岌可危。山中老道收到六叔临终前发出的求救信息,明知古槐村乃险恶之地,仍毅然出山。