2131年,地球爆发大规模的世界大战,各大主要城市尽成废墟,人们流离失所。讽刺的是,这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地,以此作为幸存者的理想国。
少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗,危急时刻,她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体,如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子,琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达,而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安,它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密……。谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而这一路上,层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来,将相继呈现在他们的眼前……。