掌控日本国家未来的御前会议上,众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”,神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后,暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫(户田惠梨香 饰)和濑文焚流(加濑亮 饰)负责。调查途中两人接到志村美玲(福田沙纪 饰)的求救电话,赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子(栗山千明 饰)不期而遇。当麻将美玲带回未详系,原本已经死去的阳太/一十一(神木隆之介 饰)竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手,当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下,普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中,当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现,黑暗降临的未来是否终将无法避免?。半平太(锦户亮 饰)被逼自尽后竟然穿越到了现代,在经历了一连串宛如灾难一般的意外后,半平太遇见了善良的老人佐伯真人(森本里奥 饰)。佐伯经营着一间补习班,他不仅收留了无处可去的半平太,还任命他成为了补习班的临时老师。
佐伯的孙女晴香(比嘉爱未 饰)对于半平太的真实身份十分怀疑,充满了戒备。之后,半平太遇见了在他之前穿越过来的坂本龙马(神木隆之介 饰),两人联手寻找回到过去的方法。随着时间的推移,半平太和佐伯一家人之间产生了深深的羁绊,半平太利用着战场上的经验,解决了身边发生的一个又一个难题,获得了孩子们的喜爱与信任。。