“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。成功的企业家艾橘上在孩童时,机缘巧合地亲眼看到妹妹和母亲相继死亡,便误会是他爸爸宁信之和秘书黎恩一手造成。由于年幼无知,轻信谎言,离家出走。多年后的他,一直念念不忘要为母亲和妹妹讨回公道。在一个倾盆大雨的夜晚,他结识了让他一见钟情的女子——宁恩怜。宁恩怜刚从法国留学回来,是一名风采迷人的时装设计师。正当艾橘上想对宁恩怜表达爱意时,却发现宁恩怜是他父亲的养女……。西汉武帝年间,淮南王刘安崇尚仙法,广集豆类练取仙丹,仙丹未炼成,豆子却幻化为人形有了生命,成为了“豆族”。 主人公豆福和刘安一样痴迷于仙术,但是苦修多年也未能得道成仙。青梅竹马的豆香及志同道合的好友皆怀疑仙术,劝其放弃,但是豆福一直苦苦坚持。 一次机缘巧合,豆福在神经病院碰上了神经兮兮的神经豆,在神经豆的指点下,豆福的仙术突飞猛进,而修仙背后的阴谋,也开始逐渐浮出水面……。