《最后的99天》取材于真实的历史事件,讲述了解放前夕,在距新政协预定的会期还有99天之际,上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议,一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间,展开殊死搏斗的故事。。影片讲述为了阻止致命病毒的爆发,一支敢死队深入神秘区域营救科学家。来自俄罗斯精英特种部队的一名队员,深入泰国的热带丛林,与恶势力作斗争,揪出最后的幕后黑手。。1930年代,与敌作战受伤的红军师长陈赓(杨绍林饰)只身赴上海就医,由于叛徒出卖,不幸被捕。蒋介石(赵恒多饰)闻讯大喜,由于陈原是黄埔军校学生,与蒋有师生之谊,并在东征中救过蒋的命,更有救命之恩,他派夫人宋美龄(朱可心饰)前去做工作,劝陈脱离共产党,但遭拒绝。陈被押到南京后,蒋煞费苦心,先是许以高官厚禄,后又威逼利诱,陈软硬不吃,最终,敌人把他投入监狱。在狱中,陈与同关牢房的教会学生玛丽(徐金金饰)互诉身世,并给玛丽讲述革命道理,玛丽深受感染。狱外,以宋庆龄(肖惠芳饰)为首的进步人士陈词痛斥南京当局残害共产党人和无辜民众的罪行......。