魔法。それが現実の技術として確立されてから約一世紀が過ぎていた。 国立魔法大学附属第一高校、通称“第一高校”にとある兄妹が入学する。 魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。 すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。 二人の学生生活は激動に次ぐ激動の日々だった。 政治結社《ブランシュ》の襲撃。 九校戦への香港系国際犯罪シンジケート《無頭( ノー・ヘッド・)竜(ドラゴン)》の介入。 大亜連合軍の横浜への侵攻。 人の精神に取り憑いて変質させる魔物パラサイトの出現。 そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長アンジー・シリウスことアンジェリーナ=クドウ=シールズの来訪。 波乱に満ちた一年が終わり、二年生になった二人の生活も少しずつ変化する。 四葉家から使わされた桜井水波が達也たちと同居することになり、 達也は新設された魔法工学科、通称《魔工科》に転科す...。經過七個特異點的戰鬥,人理延續保障機構‧迦勒底終於來到了聖杯探索的最終地點——冠位時間神殿所羅門。要奪回人類的未來,必先要打倒所有事情的元兇‧魔術王所羅門。在迎來最終決戰之前,各人都有自己的安排。 羅馬尼.阿基曼思考自己將要作出的選擇、瑪修則因自己尚餘不多的日子,心裡充滿千愁萬緒。而藤丸則為了最後戰役,穿上新的禮裝。 賭上過往大大小小的相遇,以及眾多的未來,藤丸與瑪修踏上征途……。