1941年秋,占据安西的军阀尕司令预感自己即兵败,在星星峡抢劫了大批运往内地的新疆各界民众募捐的抗日物资,幸在鲜为人知的红草滩,以备东山再起。伤痕累累的尕司令逃脱了追匪化装成迷路的商客,被荒墩爷收留。渐渐养好伤后,他来到红草滩准备挖出埋藏在这里的财物时,却发现早已被荒墩爷挖走,顿时凶相毕露与荒墩爷展开博斗,最终尕司令被打死。哈娃子和沙红按荒墩爷的遗嘱将财物送到了设在迪化的八路军驻新疆办事处,粉碎了军阀司令东山再起的阴谋。。由于童年的获救经历,初中三年级生Q(绪方惠美配音)立志成为侦探。虽然年纪不大,但Q拥有着敏锐的观察力和极强的逻辑推理能力,这样的他具备着成为侦探的重要素质。为了完成梦想,Q参加了団守彦(田中秀幸配音)创立的侦探学院入学考核,然而,考试的结果里,他同拥有瞬间记忆能力的少女美南惠(桑岛法子配音)、身手了得的远山金太郎(石川英郎配音)、电脑天才明沢数马(川上朋子配音),以及同样拥有天才级推理能力的天草流(远近孝一配音)四人被编入了奇怪的“Q班”。 在Q班里,他们发挥着自己的特殊能力破解了一桩又一桩令人费解的悬案,然而,在这些案件的背后,一个叫做“冥王星”的组织出现在了大家的面前。。