腐朽僵化的清王朝,科举考试形同儿戏,官场同年勾结营党,庙堂之上难以找到几个敢为天下先,愿为黎首请命的好官。家住绍兴府的方敬斋自幼饱读诗书,出口成章,而忠义清廉的狷介性格也使得他不愿和官场权贵沆瀣一气,为保一身清白不惜撞得头破血流。无奈造物弄人,方与偶然结识的书生董瑞一同上京赶考,谁知满腹经纶偏偏明珠暗投,反倒是庸碌的董瑞榜上有名。在此之后,方敬斋当起了董瑞的师爷,帮助好友出谋划策。
只是在如酱缸一般的官场,他和好友渐行渐远,方敬斋所走的路必然是清冷而孤独的一条……。位于日本某处的偏僻乡村--霞高原町,通称“霞之里”。在这里有一所培养女忍者的养成学校“私立志能备学园”。
为了成为杰出女忍者的女孩们从全国聚集而来,每天都在这里进行着学习和训练,当然“霞之里”的人们都是这所学校的毕业生。
某天,在这个一成不变的村子里,有一个女孩和一个男性造访了这里。憧憬着女忍的生活,仰慕着“市川电蔵”老师。为了成为女忍而入学“私立志能备学园”来到这里的普通女孩日向葵。以及为了逃避债主而来到这里担当老师的万里小路隼人。他们两人的到来是必然还是偶然?充满欢笑,挫折,悲伤,成长的忍者物语开始了......。