在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后,地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他...。奥利弗是一位怀才不遇的歌手,女儿安娜贝尔相信魔法,暗暗企求仙女的帮助。谁知求来的却是魔法不精的仙童莫瑞,尽管莫瑞热心助人,却总是弄巧成拙,他不仅把自己和安娜贝尔送到了千里之外的蛮荒之地,还把准备试唱的奥利弗变成了一座塑像。
偏偏被仙女协会开除的魔女克劳迪亚也来捣乱,为了实现独霸天下的野心,她收缴所有魔棍,当她发现唯一流落在外的魔棍握在莫瑞之手,便发起了疯狂的进攻。被魔女困住的莫瑞和安娜贝尔利用智慧逃出了魔掌,并解救了被克劳迪亚陷害的仙女首领。当他们终于赶到奥利弗化成的塑像前,最好的恢复时机已经错过了……。