《谁家的孩子》第二季延续第一季的故事,孩子们都长大了一岁,仍然是一群快乐的小学生。急公好义的夏子鹏,调皮捣蛋的邱阳,聪明伶俐的诗琪,古灵精怪的雪灵,还有品学兼优的表哥璨彬。新的学年,他们身边多了一群新的朋友,机灵鬼文辉,小不点天天,新班长小蔓,开心果安安,他们的学习和生活依然是丰富多彩,他们的家长依然是爱恨交加。他们自我的意识在苏醒,开心和烦恼敲打着他们的心窗,身边的世界开始展示出更多更复杂的层面,他们继续享受着快乐的童年,收获着身心的成长,也经历着磕碰和摔打。。在闹市区的后巷中,平凡高中生藤岛鸣海(松冈祯丞 配音)目睹了一桩突发事件。不日,他被同班同学彩夏带去了她打工的“花丸拉面店”,在这里,他居然又遇到了当天那三个“可疑人物”——柏青哥高手阿哲、“军事宅男”少校以及相貌俊美的宏哥,三人自称为“尼特族侦探”。就在鸣海一头雾水时,他阴错阳差地来到了“NEET侦探事务所”,遇上了一名奇怪的少女爱丽丝(小仓唯 配音)。爱丽丝看似是一个足不出户的家里蹲,事实上她是个拥有高超技术的网络黑客,她利用自己的能力接受委托,成为尼特族侦探。
因缘际遇下,鸣海当上了爱丽丝的助手,帮助调查事件。这个没什么存在感的平凡高中生,在尼特族侦探团中能起到作用吗?曾经不希望和别人有过多来往的鸣海,会和爱丽丝以及尼特族的大家产生什么样的羁绊?。夜间班机因旅客大都熬夜熬得双眼通红,故得名为红眼班机。勒克斯大西洋酒店的高级行政人员丽莎今天不得不搭乘她最不喜欢的红眼班机,因为她必须在参加完祖母的丧礼后明天就赶回酒店工作。
丽莎的运气还不错,在机场遇到了英俊潇洒的杰克逊,两日相谈甚欢。更让丽莎惊喜的是,两人搭乘的是同一班红眼班机,而且还相邻而坐。本以为一段美好的缘分就此展开时,丽莎万万没有想到,原本温文尔雅的杰克逊露出了他的狰狞面目。原来杰克逊是恐怖分子的一员,他正要前往刺杀住在勒克斯大西洋酒店的安全部的高官。现在,恐怖分子绑架了丽莎的父亲,要求身为该酒店主管的丽莎协助杰克逊完成这一刺杀任务。在恐怖分子的要挟下,丽莎将何去何从?。