克隆战争进行到了第四季,故事将从纳布星球的一场水下战役开始....。因为遭遇到友情与爱情的背叛而心受重创的日本男子——早濑(渡部笃郎饰)被日本的一家汽车公司派到上海分公司任职。郁郁寡欢的他结识了上海一对姐妹花。姐姐方敏(徐静蕾饰)美丽大方,聪慧善良;妹妹方琳(董洁饰)活泼可爱,青春洋气。姐姐方敏对这个忧郁的绅士产生了好感,同时妹妹方琳也爱上了这个来自异国的英俊男子,她向早濑热情示好,全然忽视与自己青梅竹马的阿德(陈柏霖饰)的一片痴心真情。心如死水的早濑渐渐被善解人意、温柔善良的方敏所打动,同时拒绝了方琳。而方敏在知道自己身患绝症后,一次又一次地拒绝了早濑的示爱。但最终还是被这个深情的男子感动,两人紧紧相拥。方琳在得知姐姐与早濑的恋情之后,痛斥方敏,让方敏伤心欲绝。方敏的病渐渐恶化,得知真相的方琳向姐姐忏悔。有着深爱自己的男人陪在身旁,方敏露出安静的笑容,躺在爱人怀里静静地离开了人世。。卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……。