“医龙”再次归来!完成了日本第一例Batista手术收入后,由朝田龙太郎(坂口宪二 饰)率领的小队就被解散了。朝田回到了难民营,继续他的国际救援。之前任职的明真大学,格局也有所变化。前小组成员伊集院登(小池彻平 饰)、里原美纪(水川麻美 饰)等虽然还留守医院,但都因医院的情况精神不佳。
这时,一封不知来历的邮件发到了前小组成员的手上。邮件的内容是希望重组医龙小队。这个信息让小组的成员都感到既兴奋又忐忑。这时一位患者被送到医院,由龙太郎适时挽救了生命。借此机会,医龙小队又再次组建,一切都朝着好的方向发展着。但朝田似乎隐隐感觉着背后有人在操纵着这些事……。“九一八”事变后,侵华日军在中苏边境修建了号称“东方马奇诺防线”的军事要塞。苏联将军的中国养女安娜潜入中国东北,调查要塞,不幸被日军抓获。东北抗联派出侦查员文龙营救安娜。魔术师高小庄、猎人胡大壮、国军女特工谭卓茹、东北军军官魏坤宁等人参与营救。文龙把安娜从虎头要塞劳工营救出后,劳工营日本军官小泉清带兵追击。文龙原计划把安娜从东北的中苏边境送出,可日军提前封锁边境,于是文龙改变计划,决定把安娜送到关内,安娜手上握有记录日军暴行和机密的照片,为避免泄密,日军又派出阿部宽参加抓捕。在护送安娜的过程中,文龙带领众人摧毁了日军铁路、毒品工厂地等一系列军事设施,发现了大量日军侵华罪证。为保护我们掌握的日军罪证,胡大壮、谭卓茹、魏坤宁等人相继牺牲。经过与日军殊死较量,最终把安娜送到了安全地方。